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src/c/o/cogent-1.5.3/tests/test_struct/test_rna2d.py   cogent(Download)
#!/usr/bin/env python
"""Tests for ViennaStructure and related classes.
"""
from cogent.util.unit_test import TestCase, main
from cogent.struct.rna2d import ViennaStructure, Vienna, Pairs,\
 
        for s, r in zip(structs, results):
            c = classify(s)
            self.assertEqual(classify(s), r)
 
        long_struct = ".((((((((((((((.((((((..((((.....)))))))))).))..))))))))))))....(((.((((.((((((((......((((((.((..(((((((....)))).)))..))))))))...))))))))...........(((((.(..(((((((((......((((((((((((.........))))))))))))....))))).))))..)..)))))..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((((((...(((.......((((((((........)))))))).......)))...))))))))))))))))))))))))))))))).((((........(((((((((((((((((((...))))))))))))))))))).......)))).....((((((((((((((((((((((((((((((.(((...))).)))))))))))))))))))))))...........))))))).))))))))))))))))))).....)))).)))......"
 
        #compare standalone method with classification from tree
        c = classify(long_struct)

src/p/y/pycogent-HEAD/tests/test_struct/test_rna2d.py   pycogent(Download)
#!/usr/bin/env python
"""Tests for ViennaStructure and related classes.
"""
from cogent.util.unit_test import TestCase, main
from cogent.struct.rna2d import ViennaStructure, Vienna, Pairs,\
 
        for s, r in zip(structs, results):
            c = classify(s)
            self.assertEqual(classify(s), r)
 
        long_struct = ".((((((((((((((.((((((..((((.....)))))))))).))..))))))))))))....(((.((((.((((((((......((((((.((..(((((((....)))).)))..))))))))...))))))))...........(((((.(..(((((((((......((((((((((((.........))))))))))))....))))).))))..)..)))))..(((((((((((((((((((......(((((((((((((((((((((((((((((((...(((.......((((((((........)))))))).......)))...))))))))))))))))))))))))))))))).((((........(((((((((((((((((((...))))))))))))))))))).......)))).....((((((((((((((((((((((((((((((.(((...))).)))))))))))))))))))))))...........))))))).))))))))))))))))))).....)))).)))......"
 
        #compare standalone method with classification from tree
        c = classify(long_struct)